短程分子蒸餾是一種特殊的液-液分離技術，它不同于傳統蒸餾依靠沸點差分離原理，而是依靠不同物質分子運動平均自由程的差異來實現分離。

當液體混合物沿著加熱板流動并加熱時，輕重分子會從液體表面逸出，進入氣相。由于輕重分子的自由程度不同，不同物質的分子在從液體表面逸出后有不同的移動距離。如果能適當設置冷凝板，輕分子達到冷凝板的冷凝排出，而重分子達不到冷凝板沿混合液的排出。這樣，物質分離的目的就達到了。

短程分子器蒸餾設備中沸騰膜與冷凝面之間的壓差是蒸汽流向的驅動力，如果壓力減小，蒸汽就會流動。在1mbar下運行，需要在沸騰面和冷凝面之間有非常短的距離。基于這一原理制造的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器(分子蒸餾)在加熱面對面有內置冷凝器，使操作壓力降至0.001mbar。

短程蒸餾器是一種在1~0.001mbar壓力下工作的熱分離技術過程。它的沸騰溫度低，非常適合熱敏性和高沸點物料。其基本組成:帶加熱夾套的圓柱形筒體、轉子和內置冷凝器；刮膜器和防飛濺裝置精確安裝在轉子的固定架上。內置冷凝器位于蒸發器的中心，轉子在圓柱形筒體和冷凝器之間旋轉。

短距離蒸餾器由外加熱的垂直圓筒、位于其中心的冷凝器和在蒸餾器和冷凝器之間旋轉的刮膜器組成。

蒸餾過程是:將物料從蒸發器頂部加入，通過轉子上的液體分布器連續均勻地分布在加熱面上，然后刮膜器將液體刮成極薄、湍流的液體膜，螺旋向下推。在這個過程中，從加熱面逸出的輕分子通過短路線和幾乎沒有碰撞的情況下，在內置冷凝器上冷凝成液體，沿著冷凝器管流下，通過蒸發器底部的出料管排出；殘液是指重分子在加熱區下的圓形通道中收集，然后通過側出料管流出。至此輕重分子物料分離開，多級串聯可優化分離度和增加純度。